Εξοπλισμός εργαστηρίου
Pythagoras Cluster
Το εργαστήριο Εφαρμοσμένων Μαθηματικών και Μαθηματικής Μοντελοποίησης υποστηρίζεται υπολογιστικά από τη συστοιχία υπολογιστών Pythagoras.
Η συστοιχία αυτή αποτελείται από 8 κόμβους υπολογιστών (blade servers) συνολικής ισχύος υπολογισμού 312 λογικών πυρήνων (156 φυσικοί πυρήνες / 16 επεξεργαστές) με συνολική φυσική μνήμη 432GB και έναν κόμβο 24 λογικών πυρήνων (12 φυσικοί πυρήνες / 2 επεξεργαστές) και 48GB ram για τη διαχείριση των κόμβων υπολογιστών (front-end κόμβος). Κάθε κόμβος διαθέτει δευτερεύουσα μονάδα αποθήκευσης, ενώ όλοι οι υπολογιστικοί κόμβοι και ο front-end κόμβος μοιράζονται ένα σύστημα αρχείων 1.5TB μέσω (NFS). Στο εγγύς μέλλον (το 2019), αυτό το σύστημα αρχείων θα επεκταθεί σε 6TB. Ωστόσο, θα μπορούσε να επεκταθεί μέχρι 30TB ανάλογα με τις εφαρμογές που θα αναπτυχθούν στη συστοιχία. Όλοι οι κόμβοι συνδέονται μέσω δύο διακομιστών δικτύου 1Gb (δημόσιο δίκτυο) και 10GB (ιδιωτικό δίκτυο).
Το περιβάλλον του λειτουργικού συστήματος του Pythagoras είναι η Rocks Cluster Distribution (έκδοση Sidewider) στη διανομή CentOS Linux (6.9). Το περιβάλλον υπολογιστικής υψηλής απόδοσης παρέχεται από τους δρομολογητές Condor και SGE, οι οποίοι αποτελούν το βασικό μεσαίο λογισμικό του Rocks Cluster. Το HPC είναι εξοπλισμένο με μαθηματικές βιβλιοθήκες (λογισμός, γραμμική άλγεβρα και βελτιστοποίηση για γραμμικά και μη γραμμικά προβλήματα, αριθμητικές βιβλιοθήκες πολλαπλής ακρίβειας κλπ.).
Οι περισσότερες από τις γλώσσες προγραμματισμού (Fortran, C / C ++, Java, R και Python), το openMP, τα πρότυπα προγραμματισμού MPI και Map/Reduce (Hadoop) υποστηρίζονται. Το 2020 προγραμματίζεται η εγκατάσταση της κατανεμημένης έκδοσης του MATLAB (MATLAB DCS) για 8 υπολογιστικούς κόμβους μαζί με τα toolboxes για παράλληλους υπολογισμούς και γραμμική και μη γραμμική βελτιστοποίησης.
Pythagoras wiki pages (Beta version)